Die Zollfahndungsämter sind - wie die Hauptzollämter - örtliche Behörden der Zollverwaltung. Die Hauptzollämter sind den Zoll- und Verbrauchsteuerabteilungen der Oberfinanzdirektionen angegliedert. Hingegen unterstehen die Zollfahndungsämter dem Zollkriminalamt, der Zentralstelle für den Zollfahndungsdienst. Sie sind für die Ermittlung von den der Zollverwaltung zur Verfolgung zugewiesenen Straf- und Ordnungswidrigkeitentatbeständen zuständig.