Die traditionsreiche Abteilung Generallandesarchiv Karlsruhe ist heute zuständig für das Schriftgut der Landesbehörden und Gerichte im Regierungsbezirk Karlsruhe und die dort angesiedelten regionalen Bundesbehörden.

Den historischen Kern dieser in einem 1905 fertig gestellten Zweckbau untergebrachten Abteilung aber bildet die Überlieferung der Markgrafen von Baden, die Archive der Bischöfe von Speyer und Konstanz, Teile der bischöflichen Archive aus Straßburg und Basel, Archive der Ritterorden und vor allem viele Archive aufgehobener Klöster wie Salem, Reichenau, St. Blasien, St. Peter, Schwarzach oder Frauenalb. Aus diesen Klöstern stammen die meisten der rund 130 000 Urkunden. Mit der Mediatisierung gelangten die Kantonsarchive der Reichsritterschaft und Teile der reichsstädtischen Archive hierher, ebenso Teile des kurpfälzischen Archivs und vorderösterreichische Archivalienüberlieferung.

Von großer Bedeutung ist weiterhin die archivalische Überlieferung der obersten Verwaltungsebene des Großherzogtums Baden aus dem 19. und 20. Jahrhundert. Dazu zählen die Akten des badischen Landtags und der Ministerien, die Überlieferung der großherzoglichen Hofbehörden, aber auch des badischen Armeekorps im preußischen Heer sowie die Überlieferung der badischen Mittel- und Unterbehörden aus dem nordbadischen Raum als unerschöpflicher Fundus für die Regional- und Ortsforschung. Das Großherzogliche Familienarchiv befindet sich im Gebäude, ferner sind zahlreiche Adels-und Privatarchive hinterlegt, aber auch Nachlässe bedeutender Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens. In den reichhaltigen Sammlungen finden sich Karten und Pläne ebenso wie Plakate, Bildnisse und Fotografien.

Die Dokumentationsstelle Rechtsextremismus ist 2020 vom Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst im Generallandesarchiv Karlsruhe eingerichtet worden. Kern und Ausgangspunkt der Dokumentationsstelle ist das umfangreiche Archiv des Journalisten Anton Maegerle, der seit den 1980er Jahren zum Thema Rechtsextremismus arbeitet. Die Sammlung gilt als größte ihrer Art in Deutschland und wird von der Dokumentationsstelle erschlossen. Gleichzeitig führt die Dokumentationsstelle die Recherchetätigkeit des Journalisten fort.